올해 중간에 회사를 그만두고 다시 취업하지 않은 분은 내년 2월 연말정산을 해 줄 회사가 없습니다. 퇴사할 때 회사가 연말정산을 해 주기는 하지만, 그때는 공제 자료를 다 내지 못해 기본적인 공제만 들어가는 경우가 많습니다.
이 글은 올해 퇴사한 60대 직장인을 가정해 퇴사 때 연말정산에서 무엇이 빠지는지, 어떤 공제가 근로한 기간분만 인정되는지, 다음 해 5월에 어떻게 신고하는지 정리했습니다. 국세상담센터 연말정산 누락 공제 추가 안내와 국세청 특별세액공제 안내를 참고했습니다.
이런 상황을 가정했습니다
61세 이모 씨는 2026년 6월 말 회사를 그만두고 지금은 일하지 않습니다. 회사는 6월 급여를 줄 때 연말정산을 해 주었지만, 상반기에 낸 병원비와 보장성 보험료, 연금저축 납입액은 반영되지 않았습니다. 이모 씨는 이 공제를 이제라도 넣을 수 있는지 궁금해합니다.
넣을 수 있습니다. 2026년에 근로소득만 있고 퇴사할 때 공제를 다 받지 못했다면, 2027년 5월 종합소득세 신고 기간에 직접 신고해 더 낸 세금을 돌려받을 수 있습니다.
퇴사 때 연말정산에서 빠지기 쉬운 공제
국세상담센터 연말정산 누락 공제 추가 안내에 따르면 계속 다니는 직원은 다음 해 2월에 연말정산을 하고, 중도에 퇴사한 사람은 퇴사할 때 연말정산을 합니다. 퇴사 시점에는 연말정산 간소화 자료가 열리지 않아 의료비, 보험료, 신용카드, 기부금 같은 공제를 챙기지 못하는 일이 많습니다.
국세상담센터 자료를 보면 이런 사람도 5월에 직접 신고하는 경우로 분류됩니다. 연말정산 때 공제를 덜 받았거나, 공제 요건을 갖췄는데도 퇴사할 때 공제하지 못한 근로자가 여기에 해당합니다. 먼저 퇴사한 회사에서 근로소득 원천징수영수증을 받아 어떤 공제가 들어갔는지 확인해 봐야 합니다.
근로한 기간분만 인정되는 공제와 1년 전체가 인정되는 공제
여기서 가장 헷갈리는 부분은 공제 기간입니다. 국세청 특별세액공제 안내에 따르면 해의 중간에 퇴사한 사람은 근로를 제공한 기간에 지출한 비용만 특별세액공제를 받을 수 있고, 기부금은 예외입니다.
| 구분 | 해당 공제 | 이모 씨의 경우 |
|---|---|---|
| 근로한 기간(1~6월) 지출분만 | 보장성 보험료, 의료비, 교육비, 신용카드 등 사용금액 | 퇴사 전 낸 병원비·보험료만 인정 |
| 1년 전체 지출분 | 기부금, 연금저축·퇴직연금(IRP) 납입액 | 7월 이후 납입분도 포함 |
퇴사 뒤인 7~12월에 낸 병원비나 카드 사용액은 넣을 수 없으니 영수증을 월별로 나눠 두어야 합니다. 반대로 연금저축은 12월에 낸 금액까지 넣을 수 있으므로 공제 한도 안에서 연말 전에 납입을 검토하는 것이 좋습니다.
실업급여와 퇴직금은 신고에 넣지 않습니다
퇴사 뒤 받은 실업급여(구직급여)는 세금을 매기지 않는 돈이라 종합소득세 신고 소득에 넣지 않습니다. 퇴직금은 퇴직소득으로 이미 따로 세금을 떼었기 때문에 5월 신고에서 근로소득과 합치지 않습니다.
다만 퇴사 후 강의료, 원고료처럼 다른 소득이 생겼다면 사정이 달라집니다. 이 경우 근로소득만 있는 신고가 아니므로 다른 소득까지 합쳐 신고해야 하고, 이 글의 간단한 근로소득 신고 순서와는 다를 수 있습니다.
5월 홈택스 근로소득 신고 순서
국세상담센터 연말정산 누락 공제 추가 안내에 정리된 경로는 홈택스 로그인 → 세금신고 → 종합소득세 신고 → 근로소득 신고 → 정기신고입니다. 신고 화면에서 퇴사 때 연말정산 내용을 불러온 뒤 빠진 공제를 추가로 입력해야 합니다.
- 퇴사한 회사의 근로소득 원천징수영수증
- 근로한 기간의 의료비·보험료·카드 사용 내역
- 1년 전체 연금저축·IRP 납입증명서와 기부금 영수증
- 환급받을 본인 명의 계좌
증명서류는 같은 종합소득세 신고 메뉴의 '신고 부속·증빙서류 제출'에서 파일로 올려야 합니다. 국세상담센터 안내 기준으로 환급세액이 생기면 6~7월경 환급됩니다. 5월 신고를 놓쳤다면 기한이 지난 뒤에도 경정청구로 바로잡을 수 있으므로 포기하지 않는 것이 좋습니다.
자주 묻는 질문
Q. 퇴사 때 회사가 연말정산을 했는데 또 신고해도 됩니까?
A. 됩니다. 퇴사 때 공제를 다 받지 못했다면 다음 해 5월 종합소득세 신고에서 그 연말정산 내용을 불러와 빠진 공제를 더해 신고할 수 있습니다.
Q. 퇴사 후에 쓴 병원비도 공제됩니까?
A. 근로를 제공한 기간에 쓴 의료비만 공제 대상입니다. 퇴사 뒤 지출한 병원비는 넣을 수 없습니다.
Q. 연금저축은 퇴사 후 낸 금액도 넣을 수 있습니까?
A. 연금저축과 퇴직연금(IRP) 납입액은 1년 전체 납입분이 대상이라 퇴사 뒤 납입한 금액도 넣을 수 있습니다.
Q. 실업급여를 받았는데 신고해야 합니까?
A. 실업급여(구직급여)는 세금을 매기지 않는 돈이라 신고 소득에 넣지 않습니다. 다른 소득이 없다면 근로소득 신고만 하면 됩니다.
정리하면 올해 퇴사하고 재취업하지 않았다면 퇴사한 회사의 원천징수영수증으로 빠진 공제를 확인하고, 근로한 기간 지출분과 1년 전체분을 나눠 다음 해 5월 홈택스 근로소득 신고에 넣어야 합니다. 신고와 증빙 제출을 마치면 6~7월경 환급금이 계좌에 들어오면 절차가 끝납니다. 그때까지 소식이 없으면 홈택스 신고내역에서 처리 상태를 살펴보는 것이 좋습니다.
참고한 공식 자료: 국세상담센터 연말정산 누락 공제 추가 안내, 국세청 특별세액공제 안내, 홈택스 (2026년 11월 14일 확인)
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